Struktur organisasi Fisip Unimor meliputi bidang akademik (tri dharma) dan bidang non akademik (administrasi dan manajemen perguruan tinggi). Dalam menjalankan sistem pendidikan, dekan bersama Wakil Dekan berkoordinasi dengan Ketua Program Studi, Begitu pula dengan bidang non akademik, dekan bersama Wakil Dekan berkoordinasi dengan Kasubag. TU dalam menjalankan sistem yang menunjang kegiatan akademik. Selengkapnya dapat dilihat pada gambar 1